Gaan de bacterien ook dood als water kookt op lagere temperatuur bijv bij lage druk?

ja, want je kookt het. hoe lang dat duurt maakt niet uit, als het kookt gaan de bacteriën dood, je moet het wel echt laten borrelen anders kookt het dus niet maar is het alleen maar warm.

Alleen de temperatuur is van belang.
Koken als proces op zich niet, anders dan dat het temperatuurstijging verhindert, wat ongewenst is.

Om die reden gebruiken we een autoclaaf (groot soort snelkookpan) die zorgt dat het wat er pas bij 120 graden kookt, om operatieapparatuur en bacteriologische hulpmiddelen die hergebruikt worden te steriliseren.
Je kunt er dan (vrij) zeker van zijn dat alle ziekteverwekkende bacterien dood zijn.

Er zijn echter nieuwe groepen bacterien ontdekt, de extremofielen, die de meest dodelijke en bizarre omstandigheden overleven.
Sommige soorten zijn bv. gek op radioactief materiaal.

Regelmatig komen we voor verrassingen te staan en moet de definitie van de steriliserende invloeden bijgesteld worden.

Er zijn aanwijzingen dat extremofielen niet ziekteverwekkend zouden zijn.
Maar zelfs daar zijn we niet zeker van.....

Het antwoord op je vraag: ja, als het maar lang genoeg laat doorkoken.
Water kookt, hier in Nederland, bij 100 graden Celsius. Niet bij een lagere temperatuur. In de bergen, bij een lagere druk dan in Nederland, is dit een ander verhaal, dan kan het water al koken bij 85 graden Celsius. (zie link natuurwetenschappen) Bij een hoge druk kookt het water juist later en dat verkort de kooktijd van groentes, hierbij worden bacteriën wel gedood (op bepaalde nieuwe soorten na, maar die werden hier boven al benoemd). Bij een lagere druk kookt het water eerder, maar worden je groentes niet lekker gaar, daarom gebruiken ze in de bergen vaak een snelkookpan (of hoge drukpan).
In de tandartspraktijk wordt met een autoclaaf de bacteriën gedood, dit is een soort hogedrukpan waar alleen water in gedaan en geen schoonmaakmiddel.

Er is wel een regel voor het koken van water: kook het 3 minuten en de bacteriën zijn dood. Hoe hoger je komt, hoe langer het water moet koken bij 3000m kook je het 4 minuten en bij 4000m moet het 5 minuten koken. Ook andere 'beestjes' kun je om zeep helpen door het te koken, dan moet je het water langer laten doorkoken. (zie link globetrotter)