Heeft men daadwerkelijk al eens een atoom gezien?

'Zien' is misschien niet helemaal het goede woord. Maar men heeft wel atomen zichtbaar gemaakt met elektronenmicroscopen.

Nee. tot nu toe niet. Ik weet ook niet of er naar gezocht wordt om een atoom te zien. Er zijn alleen modellen van gemaakt om de werking van de verschillende onderdelen van de atoom t.o.v. elkaar te kunnen verklaren.
Een atoom bestaat uit een uiterst kleine, positief geladen atoomkern met een diameter van tussen de 1,6 en 15 femtometer die is opgebouwd uit protonen (het proton is positief geladen) en neutronen (neutraal geladen); met daaromheen een wolk van negatief geladen elektronen. De elektronenwolk blijft rondom de kern zitten door de elektrische aantrekking tussen de positief geladen kern en de negatief geladen elektronen, kernbinding genoemd. Een sterk versimpeld beeld van een atoom is gegeven in de bovenstaande illustratie.

Een femtometer is een 10-15 (15 in subscript maar dat lukt met even niet) dus 0.000000000000015 meter.
meer informatie via mijn bron.

Hier zijn ze. Goud atomen.
Zichtbaar gemaakt met quantum-tunnelingtechniek.

Direct gezien: Nee, maar dat is ook niet zo nodig. Ik hoef 's avond ook het urinoir te zien om te weten dat ik kan plassen. Men heeft atomen atomen betast met allerlei middelen en dat is genoeg. 'Zien' is maar 1 beeld van de werkelijkheid.