worden de vliegroutes aangepast om niet boven conflectgebieden te vliegen?

Absoluut. Er lopen geen civiele luchtvaarroutes over gewapende conflicten. Een verdwaalde raket en je hebt een ramp. Bovendien is er vaak geen luchtverkeersleiding die functioneert, dus dat maakt het vliegen over zo een gebied bij voorbaat onmogelijk.

Ja.
Dit wordt gedaan door het uitgeven van NOTAM's (notice to airmen).
Een notam is een bericht dat kritische informatie bevat over een luchthaven of luchtruim, waarbij die informatie ofwel van tijdelijke aard is, ofwel nog niet bekend was bij het opmaken van vliegkaarten of bij het publiceren van luchthavengebonden boeken en publicaties.
Eerste link onderaan allerlei landen waar je als Amerikaans vliegtuig niet mag komen.
Tweede link NOTAM voor Somalie.

Zeker, vroeger niet. In de burgeroorlog in ik dacht Irak stijgt een DHL A300-F op. De aanvallers schieten recht op het vliegtuig, 1 was raak, tegen de vleugel. De Hydronic Systems voor de besturing vallen uit en de piloten gebruiken de motoren om het vliegtuig te besture, er is een noodlanding gemaakt maar het onderzoek heeft er voor gezorgd dat de landen die oorlog hebben, worden overgeslagen.