Kunnen religieuze bijeenkomsten überhaupt worden verboden ten tijde van een epidemie/pandemie?

Ja dat kan en zou ook nu kunnen. Met een meerderheidsbesluit in de eerste en tweede kamer kunnen grondrechten worden ingeperkt (bijvoorbeeld in tijde van nood).

https://www.nederlandsegrondrechten.nl/grondrechten/187-artikel-6#:~:text=vrijheid%20van%20godsdienst.-,Art.,vrijheid%20van%20godsdienst%20te%20beperken%3A&text=Op%20basis%20van%20het%20EVRM,te%20stellen%20aan%20religieuze%20bijeenkomsten.
In hoeverre is de vrijheid van godsdienst van art. 6 Gw absoluut? In een opiniestuk in de Volkskrant van 3 december 2020 stellen Wim Voermans en Erik Jurgens, resp. hoogleraar en emeritus hoogleraar Staatsrecht, dat we in deze tijden van corona nogal eens lijken te vergeten dat de wetgever met een simpel meerderheidsbesluit in Tweede en Eerste Kamer de grondrechtelijke vrijheden kan inperken. Ze wijzen erop dat in de Wet Openbare manifestaties beperkingen aan het demonstratierecht worden verbonden. Het wetboek van Strafrecht doet dat ten aanzien van de vrijheid van meningsuiting net zoals het Burgerlijk Wetboek beperkingen oplegt aan de vrijheid van vereniging.
Voermans en Jurgens wijzen verder op de mogelijkheden die de Europese regelgeving hier biedt. Zo geeft het Europees Verdrag van de rechten van de mens een aantal randvoorwaarden voor een eventuele inperking van de vrijheid van godsdienst. Art. 9 lid 2 EVRM geeft aan dat de volksgezondheid in een democratische samenleving reden kan zijn om te besluiten de vrijheid van godsdienst te beperken:
De vrijheid zijn godsdienst te belijden of overtuiging tot uiting te brengen kan aan geen andere beperkingen worden onderworpen dan die die bij de wet zijn voorzien en in een democratische samenleving noodzakelijk zijn in het belang van de openbare veiligheid, voor de bescherming van de openbare orde, gezondheid of goede zeden of voor de bescherming van de rechten en vrijheden van anderen.

Voermans en Jurgens zeggen vervolgens
Het EVRM geldt in Nederland als hoger recht dan de Grondwet. We kunnen de rij gronden van art. 9 dus met een gerust hart toepassen op de rechten in onze Grondwet. Op basis van het EVRM en de 'bescherming van de gezondheid' heeft het parlement dus het recht om eisen te stellen aan religieuze bijeenkomsten.
Natuurlijk gaat de vrijheid van godsdienst niet zover dat daarmee de openbare gezondheid in gevaar mag worden gebracht. Gedragingen binnen de kerken zijn, op grond van de godsdienstvrijheid, niet uitgezonderd van wat geldt in theaters, bioscopen en andere samenkomsten.