Waren er in de Romeinse tijd al mensen die niet geloofden in een of andere god? Zoja werden die bestraft?

Ja, er waren mensen die andere dingen geloofden en die niet geloofden, maar dat laatste lag wat ingewikkeld.
Allereerst was er al het Jodendom, dus daar waren zeker aanhangers van. Voor het grootste deel werden die door de Romeinen gedoogd, alhoewel er ook periodes zijn geweest van Jodenvervolging.
Dan waren er gebieden die ze veroverden, zoals Noord-Europa en Noord-Afrika. Hier legden ze officeel hun eigen godsdienst op, maar de meeste gouveneurs gedoogden de plaatselijke godsdienst wel, zeker als de provincie net veroverd was. Vaak was het ook zo dat mensen openlijk de Romeinse goden aanhingen en in het privé hun eigen goden, waar ze natuurlijk weinig aan konden doen.
Daarnaast waren er de volken waarmee de Romeinen handel dreven: onder andere de Egyptenaren in de tijden dat ze Egypte niet bezet hadden, handelaren uit de Sahara, en Turkije en alles ten oosten ervan (Alexander de Grote, een griek, was al in India geweest). Aangezien ze daar alleen handel mee dreven en niet de baas over waren hadden ze weinig te zeggen over de godsdienst van die mensen. Ook als ze als diaspora in het Romeinse rijk kwamen wonen om de handel te bevorderen vond men dat prima, het waren immers toch buitenlanders die 'raar' waren.
Dan het punt van niet-geloven door Romeinse burgers zelf. Voor de Romeinen was godsdienst niet alleen iets spiritueels maar ook iets heel zakelijks: veel politieke en financieële dingen waren zwaar gemengd met godsdienstige rituelen (het senaat mocht bijvoorbeeld alleen vergaderen als de voortekenen goed waren). Openlijk de godsdienst afvallen was dus iets waarmee je je maatschappelijke positie flink vergooide, want men zou dan niet meer met je omgaan zoals eerst. Een echte officeële straf zal er meestal niet geweest zijn, tenzij je het echt heel enthousiast gaat rondbazuinen en anderen probeert over te halen. Openlijk was dus iedereen deel van de staatsgodsdienst. Wat mensen privé vonden is een andere zaak: ook nu zie je veel mensen die bijvoorbeeld Christelijk opgevoed zijn die later aan dat geloof gaan twijfelen. In hoevere mate dit voor Romeinen gold weten we niet precies, want dat soort informatie is niet overgeleverd.

ja, het zou een beetje lastig zijn geweest als de schepping pas na de val van het romeinse rijk had plaatsgevonden.

Even uit mijn geheugen opgediept (het moet wel van ver komen) had Rome in de polytheïstische tijd een staatsgodsdienst, zij het veel toleranter dan het beeld dat ik meestal van een staatsgodsdienst heb.

In het algemeen kwam die tolerantie hierop neer: eigen goden hebben is prima zolang je in het openbaar maar óók de Romeinse goden aanbidt. Vreemd genoeg werd daarop voor de joden wel en voor de christenen geen uitzondering gemaakt. Christenen werden wegens hun weigering om de Romeinse goden (en dan vooral de goddelijk verklaarde keizer) te aanbidden vervolgd als 'atheïst'.

Wat mensen privé geloofden, kon de Romeinen dan weer minder schelen, het was meer het deelnemen aan openbare rituelen wat belangrijk was.

Ook in de klassieke oudheid waren er al mensen die wij atheïst zouden noemen. Voorbeelden die me zo te binnen schieten zijn Epicurus (Griek) en de door hem beïnvloedde Lucretius (Romein).

Zeker, maar die hielden liever hun mond.

De Romeinen waren bang dat hun eigen goden boos zouden worden als er veel mensen zouden zijn, die niet in hen geloofden. Daarom konden christen gewoon hun godsdienst belijden zolang ze ook maar eens per jaar een offer brachten aan de romeinse goden. Dat was dus niet om het geloof, maar ter voorkoming van de toorn van hun eigen goden. De joden hadden inderdaad een uitzonderingspositie, omdat de Romeinen eigenlijk niet wisten welke god krachtiger was: die van de joden of hun eigen goden. Het was een kwestie van respect voor de god van de Joden (die niet de god van de christenen is en was)