Als een wolk over een andere wolk vliegt en op dat moment gaat regenen, regent de onderste wolk dan ook leeg?

Lijkt me wel. De temperatuur van het waterdamp waaruit de onderste wolk bestaat wordt door de bovenste wolk afgekoeld waardoor de waterdruppels te zwaar worden om nog in de wolk te blijven. Ook de onderste wolk gaat dus regenen:)

De neerslag ontstaat in de hogere wolken , heel hoog in de lucht, vaak meer dan 10 km. hoog, waar het erg koud is en meestal in de vorm van sneeuw, ook in de zomer, die dan smelt als de sneeuw lager komt en in regen over gaat.
De lagere wolken ontstaan door de al gevallen neerslag op de grond,die overgaat in damp, daarna opstijgt en in een koudere bovenlaag condenseert.
Deze wolken geven geen regen.
Heel goed te zien, vlak voor een onweersbui, waarbij voor de bui uit ,er zeer donkere wolken ( soms rolwolken) aan komen, maar het pas gaat regenen als die wolken voorbij zijn.