Heeft Nederland Indonesie vergoed voor alle schade die het land heeft geleden door kolonie te zijn?

Nee, een dergelijke 'algemene vergoeding' is er nooit geweest.
Sterker nog, voor de onderdrukking van het volk van Indonesie zijn ook nooit algemene excuses gemaakt. Wel voor een aantal incidenten, die door de nederlandse regering of haar ambtelijke bestuurders 'zijn betreurd' of waarvoor men letterlijk excuses heeft gemaakt.

Zoals uit de reacties al blijkt is die schade (en of daar per saldo wel sprake van is) heel lastig te berekenen, zeker wanneer je bedenkt dat
(a) Nederland als overheid in Indonesie (toen dat nog Nederlandsch-Indie was) ook wegen en spoorwegen, bruggen etc. heeft gebouwd, de industrie heeft bevorderd en een goed ontwikkeld bestuur heeft gevestigd. Ook zorgde die Nederlandse overheid voor beter onderwijs en medische en hygienische voorzieningen, zeker in een aantal grotere steden zoals Djakarta, Bandoeng, Soerabaja, Medan...
(b) Hoewel individuele Nederlanders en hun ondernemingen over de rug van de plaatselijke bevolking schatrijk zijn geworden en regelrechte uitbuiting hebben gepleegd, hebben zij ook (soms relatief goed betaald) werk geboden aan de plaatselijke bevolking. Natuurlijk veelal tegen zeer lage lonen en vaak in wurgcontracten -- maar het werk dat de plaatselijke bevolking verrichtte voor de (zogeheten) Inlandse bestuurders was even zwaar en werd even slecht betaald.
(c) Veel mensen uit Indonesie, maar vooral in Indonesie wonende Chinezen, hebben sterk geprofiteerd van de door Nederlandse maatschappijen opgezette scheepvaartverbindingen en andere handelskanalen (die door de daar gestichte infrastructuur mogelijk werden).
(d) Nederlanders hebben zich (in strijd met de wet) in Indonesie soms bezondigd aan verkapte slavernij en dwangarbeid, aan corruptie en seksueel misbruik (naast vele andere misdaden). Waren die misdaden niet door hen gepleegd, dan zouden ze wellicht door anderen zijn gepleegd (gelegenheid maakt de dief). De Indonesiers zelf gaan ook niet vrijuit: Soeharto staat al jarenlang in de top 10 van meest corrupte politici ooit.
(e) onder het Nederlands bestuur had de plaatselijke bevolking weinig rechten; maar in gebieden, voordat zij onder Nederlands bestuur stonden (of buiten het door de Nederlanders bestuurde gebied) hadden zij helemaal geen rechten. Hun Sultan of plaatselijke heerser was een absoluut vorst met absolute bevoegdheden.

Of je hier de plussen en minnen zo maar kunt wegstrepen? maar mijn mening niet.

Toegevoegd na 15 uur:
in de laatste zin, lees in plaats van maar: naar