Waarom noemen we iets de 1e en 2e verdieping als we omhoog gaan en niet de diepte in?

Dat zou inderdaad logischer zijn.
Lange tijd werd gedacht dat verdieping te maken had met het verlagen van de begane grond naar souterrainniveau, maar dat is waarschijnlijk toch niet juist.
De oorsprong van de vreemde benaming voor een juist hoger gelegen vloer moet gezocht worden in de houten constructie van de zolder. Om deze lage ruimte direct onder de kap bruikbaarder te maken werd de houten vloer vanaf de Late Middeleeuwen lager aangebracht, oftewel ‘verdiept’, zodat men er kon staan: dit werd een zolder met verdiep genoemd. Door hieronder nogmaals een verdiepte vloer aan te leggen ontstond een zelfstandige verdieping.
Andere verklaring: in de zeventiende eeuw werden statige koopmanshuizen voorzien van opkamers en neerkamers. De verhoogde kamer (de opkamer) en de verlaagde kamer (de neerkamer) werden achter het voorhuis gebouwd. Om zo veel mogelijk ruimte te winnen bouwde men de neerkamer onder het grondniveau. De neerkamer was dus letterlijk een verdieping. Later werd het woord verdieping niet alleen meer toegepast op de neerkamer maar op elke woonlaag.
Aangezien men in 1429 al over verdiepingen sprak, zal de tweede verklaring minder waarschijnlijk zijn:
“Soo wie vordiepinge getymmert hebben, die sullen decken myt harden deck.”

Dit zegt het Vlaams woordenboek:
De oorsprong van de vreemde benaming voor een juist hoger gelegen vloer moet gezocht worden in de houten constructie van de zolder. Om deze lage ruimte direct onder de kap bruikbaarder te maken werd de houten vloer vanaf de Late Middeleeuwen lager aangebracht, oftewel ‘verdiept’, zodat men er kon staan: dit werd een zolder met verdiep genoemd. Door hieronder nogmaals een verdiepte vloer aan te leggen ontstond een zelfstandige etage.