Waren er mensen tijdens de Gouden Eeuw, tijdens de tijd van de godsdienstvrijheid, al atheïst?

In het Nederland van de Gouden Eeuw stond de georganiseerde geneeskundige verzorging door chirurgijns en medicinae doctores op een redelijk peil, in de steden was de gezondheidszorg goed. Om chirurgijn te worden moest je in dienst treden bij een meesterchirurgijn, die lid was van het plaatselijke chirurgijnsgilde. Men kon ook via een korte opleiding in een havenstad de “zee-proef” doen en als scheepschirurgijn op zee aan de slag.
Naast de georganiseerde geneeskundigen speelden ook de Vrije Meester een belangrijke rol bij de behandeling van ziekten en aandoeningen. Deze Vrije Meesters trokken van de ene naar de andere kermis en jaarmarkt, maar ook van stad naar stad. Zij moesten een goede naam hebben aangezien er toestemming nodig was van het stads- of van het gildebestuur om binnen de stadsmuren te praktiseren. De Vrije Meester was niet bij een gilde aangesloten maar had zich in de praktijk bekwaamd in het uitvoeren van één enkele soort ingreep of in het behandelen van één bepaalde aandoening, een specialist dus.

De echter Kwakzalver was eropuit om de patiënt via bedrog financieel uit te kleden, door middeltjes en behandelingen voor te schrijven die niet werkten. Hij wist heel goed het potje geen zalf maar wagensmeer bevatte.
Een beruchte kwakzalver was de keisnijder, die met veel theater een kei uit het hoofd verwijderde en hem genas van hoofdpijn of van algehele dwaasheid. In werkelijkheid had de operateur de kiezelsteen al in de zak vóór de behandeling, de kwakzalver wist duvelsgoed dat de steen er niet pas later was ingevlogen.
De Vrije Meester echter, was een in de praktijk getrainde specialist, die operatieve ingrepen uitvoerde en veel mensen ook werkelijk van hun kwaal afhielp. Doordat hij vaak op dezelfde markten en kermissen kwam als de echte kwakzalvers kreeg hij ten onrechte ook de titel kwakzalver.
Vandaar dat men sprak over betrouwbare en onbetrouwbare kwakzalvers.

Om een antwoord op je vraag kort samen te vatten:
Jazeker waren er in de tijd van de Gouden Eeuw atheïsten, maar een verband met oplichtende kwakzalvers is er niet.
Liegen en bedriegen is van alle tijden en komt in alle lagen van de bevolking voor,al vanaf het begin der mensheid. Dat was ook in de Gouden Eeuw niet anders.
In zowel de vroege (1588-1647) als in de late Gouden Eeuw (1588-1647) kon een kwakzalver, die de boel oplichtte een christen of een atheïst zijn, althans zich zo noemen, en weten dat al zijn hax pax max deus adimax bedrog was.