Hadden de trojanen in de trojaanse oorlog de zelfde godsdienst als de grieken?

Ja, de beschermgoed van de stad was Apollo, dus het kan niet nee zijn

Het antwoord op je vraag hangt af van uit welke achtergrond je deze stelt: de Ilias of de geschiedenis.
Volgens Homeros' epos over de Trojaanse oorlog is het antwoord "Ja". Het was zelfs zo dat de oorlog de Griekse goden verdeelde: Aphrodite en Apollo stonden aan de kant van de Trojanen, Hera, Athene en Poseidon aan de kant van de Grieken. Zeus en Ares waren neutraal. Volgens Homeros waren er in Troje tempels gewijd aan Griekse goden: Apollo en Athene.
Historisch gezien is het antwoord "Nee". In feite was de stad Wilusa (=Ilias=Troje) niet Grieks (of liever: Myceens!) maar waarschijnlijk(!) een vazalstaat van het rijk van de Hettieten. De taal die werd gesproken was Luwisch, niet Myceens-Grieks. De belangrijkste god van de Luwiërs was de stormgod Taru, niet Zeus.
Ik heb een paar links bijgevoegd waarvan de eerste (Kizzuwatna) niets met je vraag te maken lijkt te hebben, maar deze staat bestond voor een deel uit Luwiërs en je vindt er meer over hun religie.