Wat is eigenlijk de (wetenschappelijke) reden dat veel mensen 's ochtends moeilijk wakker worden? Los van het feit hoe vermoeid iemand is?

Ochtendmensen gaan ’s avonds graag vroeg naar bed en worden ‘s ochtends vroeg wakker.

Avondmensen daarentegen voelen zich ’s avonds op hun best en hebben dan ook moeite met op tijd naar bed gaan. Deze mensen komen ’s ochtends moeilijk op gang.

Maar ook voor avondmensen geldt
als je genoeg uren geslapen hebt, dan wordt je heus wel wakker.

http://educatie.ntr.nl/beterslapen/index.jsp?nr=574728

Ons leven is ingesteld op een 24-uurs-ritme: de wisseling van licht en donker, die wordt veroorzaakt door de omwenteling van de aarde om haar as in het licht van de zon. Veel processen in ons lichaam vertonen dit zelfde ritmische verloop in een periode van 24 uur. We hebben een zogenaamde biologische klok die deze 24-uurs ritmen regelt.

Als je niet naar je biologische klok luistert,
dan heb je o.a. moeite met wakker worden.

even als aanvulling op bovenstaande super antwoord.
s"Nacht is je hele lichaam in rust,de hartslag is lager,de hersenactiviteit is lager,de lichaamstemperatuur is lager,ademhaling minder, dit alles mede onder invloed van een lager melatoninegehalte in de hersenen.
Bij daglicht wordt dat weer afgebroken,en ga je energie opbouwen door eten en drinken en bezig zijn.
Wordt je nu s'morgens moeilijk wakker is dat waarschijnlijk
omdat je lichaam nog niet goed is uitgerust,of te laat naar bed,of ziekte,of onder invloed van alcohol,allemaal factoren,die het lichaam van slag maakt.
Het beste zou dus voor je lichaam,rust,en fit opstaan zijn.
Om elke dag langzaam in activiteit afbouwen,geen dingen doen wat het lichaam aanzet tot energie,en elke dag om dezelfde tijd gaan slapen,voor inderdaad het biologische ritme houden.