Hoe boek ik een transactie van mijn ene onderneming naar mijn andere eigen onderneming?

Dit is geen privé overboeking, maar vergelijkbaar met het betalen van een rekening voor de onderneming die betaald en een inkomsten voor de onderneming die ontvangt.

Wanneer je een boekhoudprogramma gebruikt (zoals Twinfield) heb je daar (als het goed is) een grootboekrekeningen voor.

Er is wel een maar. Wanneer je een eenmanszaak hebt (kan bij beide ondernemingen), ligt het gebied zakelijk en privé zodanig dicht bij elkaar dat er (bijna) geen verschil is tussen het overboeken van de ene naar de andere onderneming en (zoals je beschrijft) privé onttrekking en storting. Een beetje broekzak vestzak idee.
Dit kan je eventueel voorkomen als je vanuit de ene onderneming een factuur maakt voor de andere onderneming. Dan is er zeker geen discussie over mogelijk (wel weer over de validiteit van de factuur).

Dan kun je werken met grootboekrekeningen met de naam "rekening-courant". Dan kun je de onderlinge vorderingen en schulden van de ondernemingen boeken.
Stel je hebt bedrijf A en B. A koopt kopieerpapier voor eur 121 en betaalt dat vanaf de bankrekening van B.

Dan boekt BV A:
4 Kantoorbenodigdheden 100
1 Btw 21
Aan 1 rekening-courant B 121

Dan boekt B
1 Rekening-courant BV A 121
1 Aan bank 121

En met de omschrijving laat je de posten naar elkaar verwijzen. Een kruispost is het niet (dat is bijv. geld bij de bank opnemen en het in de kas storten) en prive-onttrekkingen of stortingen zijn het ook niet want het waren kosten voor de zaak.