Stichting A huurt ruimte bij Stichting B. Is stichting B verplicht daarbij BTW in rekening te brengen?

Dat hangt er vanaf. Als stichting A al BTW plichtig is, dan ja. Als dat nog niet zo is, moet worden bezien of stichting A door de verhuur alsnog als ondernemer kan worden gezien, niet onder de vrijstellingen valt en daarom BTW plichtig zou kunnen zijn voor de verhuur activiteit. Het vereist een goede analyse van de situatie en interpretatie van de belastingregels door een fiscalist. Mogelijk is het verstandig om het advies van de fiscalist ter beoordeling schriftelijk aan de inspecteur voor te leggen, zodat stichting A achteraf niet met een naheffing en eventuele boete wordt geconfronteerd.

Toegevoegd na 1 uur:
Edit: ik bedoel overal Stichting B ipv A, foutje.

Een BTW aspect kan er alleen zijn als Stichting A ondernemer is voor de omzetbelasting. Verhuur van een onroerende zaak is in principe vrijgesteld van BTW volgens art. 11 van de OB wet, tenzij er sprake van een nieuw pand dat binnen twee jaar na ingebruikname wordt verhuurd. Verder is er een mogelijkheid te kiezen voor belaste huur. Belast verhuren mede afhankelijk van de status van de huurder ( is dat een ondernemer die belaste prestaties verricht, voor meer dan 90%? of niet )
Een eenvoudig antwoord is niet te geven op de vraag, omdat veel aspecten meespelen om die vraag te kunnen beantwoorden.
Mijn advies is, ga met de relevante gegevens gewoon naar het belastingkantoor of een advieskantoor en laat u terdege voorlichten, want e.e.e kan ook gevolgen hebben voor eventueel geclaimde voorbelasting bij aanschaf van een ( nieuw) pand, en dat kan flink in de papieren lopen.