Waarom zit bij een aantal soorten brood spul op de korst en niet in het deeg?

Omdat het decoratieve toevoegingen zijn. Ze dienen dus alleen voor de sier.
Bovendien zijn zaden over het algemeen rijk aan (onverzadigd) vet en daardoor voedzaam. Dus het brood valt zwaar op de maag als ook zaden aan het deeg zouden worden toegevoegd. Dat wordt trouwens in Europese landen buiten Nederland en België soms wel gedaan, met name in Polen en Hongarije.

Je moet onderscheid maken tussen een naam van een product die wellicht voor je gevoel misleidend is, en de wettelijke aspecten. Over het eerste valt weinig over te zeggen, want is per definitie subjectief, maar over het tweede is er weinig discussie mogelijk, want het staat erg strak geregeld in Europese wetgeving, die rechtstreeks van toepassing is in Nederland.
Het is met name de Verordening (EG) 1169/2011 waarin alle zaken m.b.t. etikettering, aanduiding, voedingswaarde, enz. geregeld zijn.

Eerst antwoord op je vraag over het verwerken van zaden in het deeg of op het korstje. Sommige soorten zaad zoals maanzaad of sesamzaad zijn niet geschikt om in het deeg te verwerken, omdat ze te klein en hard zijn, en niet zacht worden tijdens het bakken. Als je zo'n brood maakt, dan is het alsof er zand in je brood verwerkt is: niet lekker! Pompoen- of zonnebloempitten worden wél zacht bij het bakken, dus kunnen ze in het deeg worden verwerkt... en ook als topping, uiteraard.
Maanzaad en sesamzaad zijn alleen geschikt ter decoratie aan de buitenkant. Het is dan niet erg dat ze nog harder en droger worden tijdens het bakken, omdat je (inderdaad) erg weinig gebruikt, dus dat stoort niet. Daarnaast, omdat korst veel heter wordt dan het deeg, worden de zaadjes geroosterd, en ontwikkelen ze meer smaak, waardoor je weinig zaad nodig hebt om toch een smaak te krijgen naar sesam of maanzaad, zonder dat je het gevoel hebt dat je brood vol met gruis is.

En dan is de kwestie van de benaming. In de Verordening is geregeld dat de aanduiding van een product niet misleidend mag zijn. Aanduidingen zoals "maanzaad", "sesam" of "meergranen" zijn toegestaan mits er daadwerkelijk deze in (of op) het brood verwerkt zijn. Een minimale hoeveelheid is niet nader bepaald, maar als een ingrediënt genoemd wordt in de aanduiding, dat moet het daadwerkelijk aanwezig zijn en kenmerkend zijn voor het product (b.v. door een smaak te geven), en de hoeveelheid moet expliciet worden vermeld in de lijst van ingrediënten.

Uiteindelijk is het aan de producent van het brood om te bepalen of en welke zaad in het brood toegepast wordt, maar in het algemeen, kleine, harde zaden zijn alleen geschikt voor decoratie. Alle andere soorten zaden en noten kan je zowel in het deeg als voor decoratie toepassen.