Klopt het dat vroeger een C# anders klonk dan een Db?

Nee, naar mijn weten is dit altijd al zo geweest. Er is ook geen ruimte voor een anders klinkende toon.

In de praktijk zijn dit dezelfde noten, met dezelfde toets of grepen. Maar in theorie is het niet hetzelfde, omdat beide noten een andere achtergrond hebben.

Met blaasinstrumenten kun je met de embouchure (aanblaastechniek) de noten verhogen/verlagen, bij een snaarinstrument kun je dit met de snaren. Daarmee kun je mineurnoten inderdaad meer verlagen dan wanneer hetzelfde interval in majeur zou voorkomen. Maar dat was vroeger niet anders dan nu, en voor beginnende muzikanten ook niet aan de orde.

Een C# klinkt nog steeds anders dan een Db. Het mag dan wel enharmonisch hetzelfde zijn; een D# schrijf je als een D verhoogt wordt, een Eb als een E verlaagd wordt. Een D# komt dus in andere toonsoortschema's voor dan een Eb. Hierdoor klinkt een D# anders in een muziekstuk dan een Eb, of zelfs Fbb.

Voor leken maakt dit niet uit. De hertzen zijn hetzelfde. Maar de juf muziek die je vertelt dat D# gelijk is aan Eb heeft echt ongelijk gehad.

Een stuk van Bach tegenwoordig klinkt anders dan vroeger. Zie:
http://nl.wikipedia.org/wiki/Stemtoonhoogte
Maar op een piano klinkt C# en Db hetzelfde heden ten dagen dan.