Hoe blokkeer je toegang tot bepaalde bestanden en mappen van buitenaf?

Dat regel je inderdaad via htaccess. Plaats de bestanden in een aparte map en geef in htacess aan dat ze alleen benaderbaar zijn als de referrer gelijk is aan de eigen domein-naam (of evt. ook deze submap)

in htaccess:

SetEnvIf Referer www\.mjndomein\.nl referck
Order Deny,Allow
Deny from All
Allow from env=referck

Als het alleen gaat om include-bestanden voor PHP, dan hoef je niets te doen, want browser kan deze bestanden toch niet localiseren (krijgt alleen de complete PHP-pagina van de server aangeleverd).

Toegevoegd na 19 uur:
Toevoeging: regel ook in robots.txt dat zoekmachines af moeten blijven van dit soort mappen.