Als ik in de directory van mijn website twee index-bestanden zet, welke kiest de browser dan als homepage?

Dat hang af van de instellingen van de webserver. Daar geef je op in welke volgorde gekeken wordt naar eventuele startpagina's. Als index.php bovenaan staat, zal hij die als eerste openen. Als je geen index.php hebt neergezet, dan kijkt de webserver naar de volgende in de lijst, bijvoorbeeld index.htm.
De volgorde kun je dus zelf aanpassen, mits je de beheerder van de webserver bent.