Php code toegevoegd aan mijn index pagina en de nieuwe extensie is nu dus .php en niet meer .html. Moet ik nu een 301 redirect in .htaccess plaatsen?

Hoe Google je heeft site heeft geindexeerd/ gewaardeerd kun je opvragen met de Google-webmastertools.
http://www.google.nl/webmasters/

Je kunt evt. ook van de index.html een redirect maken, maar in .htaccess is wat netter en is op servernivo. Overigens zal een goed geconfigureerde server bij alleen domeinnaam in opgevraagde URL bij ontbreken van index.html of default.html, de index.php aanbieden.

Toegevoegd na 33 minuten:
Een 301 redirect is daarnaast ook zinvol tbv van externe links, welke expliciet verwijzen naar index.html, anders eindigt de bezoeker op een 404-page not found (tenzij de serverconfiguratie 404's "opvangt").

Die redirect zou ik zeker plaatsen, want dat is gewoon handiger om je links werkend te houden en als je later andere pagina's ook gaan uitbreiden heb je dan alvast een voorbeeld.
Waar je ook even naar zou kunnen kijken is de configuratie van je server. Een php bestand hoeft niet per se de extentie php te hebben. Je kunt je server ook configureren dat .html bestanden als php geïnterpreteerd worden. Denk wel na over wat je doet, want "platte HTML" gaat dan ook via je php processor en kost dan meer resources. Wel ziet het er veel mooier uit en voorkomt het dat je redirects moet gaan plaatsen.