Maakt het verschil of je in linux de terminal emulator gebruikt of een command-line interface?

Nee, in beide krijg je een shell prompt te zien, en alles dat je daarin doet werkt hetzelfde (aangenomen dat beiden dezelfde shell b.v. bash gebruiken).

Toegevoegd na 10 uur:
Zoals WasMaes terecht zegt, moet je op de consoles die je met Ctrl-Alt-Fx kunt openen nog wel eerst inloggen, maar daarna zou de shell hetzelfde moeten werken. Waar verder mogelijk nog verschil in zou kunnen zitten: de environment variabelen. De shell in een terminal emulator heeft waarschijnlijk de DISPLAY variabele gezet op de naam van jouw scherm, dus als je een grafisch programma opstart, zal dat ook op dat scherm terechtkomen. Start je het vanaf de console dan zou zo'n programma kunnen klagen over dat het scherm niet bekend/ingesteld is.